依照最高人民法院《关于铁路运输法院案件管辖范围的若干规定》，昆明铁路运输中级法院按照级别管辖受理昆明铁路局管内发生的由昆明铁路公安机关侦破的、昆明铁路检察机关起诉的刑事案件。2014年4月17日，云南省高级人民法院指定昆明铁路运输中级法院管辖云南省嵩明监狱、云南省杨林监狱的减刑、假释案件。民事方面，专门管辖涉及铁路运输、铁路安全、铁路财产的民事诉讼。2014年5月4日，云南省高级人民法院根据最高人民法院《关于铁路运输法院案件管辖范围的若干规定》第五条、第六条之规定，指定昆明铁路运输中级法院管辖昆明市内发生的涉及昆明城市轨道交通的民事案件、涉及航空运输的民事案件、昆明市五华区、盘龙区、官渡区、西山区、呈贡区内发生的公路运输合同纠纷、保管合同纠纷、仓储合同纠纷、旅游合同纠纷案件。

    昆明铁路运输中级法院下辖昆明铁路运输法院、开远铁路运输法院两家基层法院。