办公室：负责本院机关政务、事务、服务等日常行政管理工作，负责文秘、机要、保密、档案管理和接待工作；负责本院重要会议和重大活动的筹备、组织和协调工作；负责本院行政管理、财务管理、物质装备管理工作；负责本院的基本建设、规划和管理工作；负责本院专项经费的申报、管理和监督使用；负责本院武器、服装、车辆装备等后勤保障工作；负责本院诉讼费管理工作等。

    政治部：主要负责本院并指导下级铁路运输法院干部队伍的思想政治和组织人事、教育培训、表彰奖励等工作；按照管理权限，负责本院并指导下级铁路运输法院的组织人事及机构编制管理工作；负责本院人员的考录、调配、考核、任免、工资福利和退休等工作；负责本院并指导下级铁路运输法院法官和司法警察等级评定、晋升、审核和申报工作；负责本院并指导下级铁路运输法院的党群工作；负责离退休干部的管理和服务工作；负责法官协会和女法官协会的日常事务管理工作等。

    立案庭：依法对本院受理的各类案件进行登记、审查、立案；负责本院信访接待工作，处理非诉来信来访；依法审理不服下级铁路运输法院不予受理、管辖异议的上诉案件；对不服本院及下级铁路运输法院生效判决而提出申诉或申请再审案件进行审查，经审查认为确有错误的，按有关规定移交审判监督庭及有关审判庭处理；负责司法救助工作；依法实行诉前财产、证据保全措施；对本院审判、处理的各类案件进行流程管理；对本院审理的案件进行审限监督；负责本院审理的各类案件的法律文书送达工作；管理书记员工作等。

    刑事审判第一庭：依法审理法律规定应由本院管辖的第一审刑事案件；依法审理上级法院指定管辖的刑事案件；依法审理本院提级审理的刑事案件；依法审理上级法院发回重审的刑事案件；负责死刑执行工作等。

    刑事审判第二庭：依法审理法律规定应由本院管辖的第二审刑事案件；审批下级铁路运输法院刑事案件延长审限的申请；负责指导下级铁路运输法院刑事审判工作等。

    民事审判庭：依法审理法律和文件规定应由本院管辖的第一审民事案件、第二审民事案件等；依法审理本院管辖的行政案件；负责指导下级铁路运输法院民事审判工作；依法审理上级法院指定管辖的民事案件；依法审理本院提级审理的民事案件；依法审理上级法院发回重审的民事案件等。

    审判监督庭（与赔偿委员会办公室合署办公）：依法审理法律规定应由本院管辖的申诉案件；依法审理不服本院或下级铁路运输法院生效裁判的再审案件；依法审理上级法院指令本院再审的案件；依法审理检察机关提起抗诉的再审案件；审理云南省监狱管理局所属监狱的减刑、假释案件；依法办理应由本院赔偿委员会受理的国家赔偿案件；审查处理不服所辖法院赔偿委员会决定的赔偿申诉案件；负责指导所辖法院审判监督、国家赔偿工作等。

    执行局：执行本院已发生法律效力的判决、裁定及调解协议中关于财产部分的执行事项；执行上级法院指定本院执行的案件；执行本院提级执行的案件；执行国家行政机关申请强制执行的已发生法律效力、应由本院执行的案件；依法接受外地法院委托执行和要求协助执行的案件；统一组织、协调使用本院及下级铁路运输法院执行力量；负责指导下级铁路运输法院的执行工作等。

    研究室：调查研究审判工作中的法律政策问题，提出解决问题的办法和建议，总结推广典型经验；综合本院及下级铁路运输法院各类审判工作情况，研究审判工作中的法律政策问题；负责办理有关法律、法规草案的修改和征求意见工作；起草综合性文件、报告，编辑、出版内部刊物等；负责法制宣传报道工作等。

    监察室（与纪检组合署办公）：监督检查本院及下级铁路运输法院干警遵守国家法律、法规的情况和违法违纪行为；受理控告、检举本院及下级铁路运输法院干警的违法违纪问题；督促查处本院及下级铁路运输法院干警的重大违法违纪案件；受理监察对象的申诉；对审判工作执法的情况和财务管理等方面进行监察监督。